Kemudian pada tahun 1961/1962 Rektor Universitas Jayabaya diserahterimakan kepada Prof. Dr. H. Moeslim Taher, SH. sebagai Rektor yang kedua menjabat dari tahun 1962 sampai dengan 1988. Beliau diganti oleh Prof. Dr. H. Tb. Achjani Atmakusuma sebagai Pejabat Rektor pada tahun 1988, secara resmi menjabat Rektor sejak tahun 1989 sampai dengan tahun 1996.

Kemudian beliau diganti oleh Ir. Syamsu Anwar, MS dari tahun 1996 sampai dengan 2000. Kemudian dari tahun 2000 beliau diganti oleh Prof. Dr. H.R. Taufik Sri Soemantri Martosoewignyo, SH dan pada tahun September 2008 dipimpin oleh Prof. H. Amir Santoso, M.Soc., Sc., Ph.D.

Untuk memperkuat usaha menggali dan mengembangkan sumber-sumber dana demi perkembangan Universitas Jayabaya telah dibentuk Yayasan Jayabaya. Sebagai pendiri adalah Moeslim Taher dan Ny. Yuyun Moeslim Taher. Yayasan ini selanjutnya berfungsi melaksanakan pembinaan terhadap Universitas Jayabaya dengan tujuan (peran):

• Membentuk manusia-manusia pembangunan yang berjiwa Pancasila, penuh pengabdian serta memiliki rasa tanggung jawab yang besar terhadap masa depan bangsa dan negara Indonesia.
• Membentuk manusia yang cakap serta bertanggung jawab, baik untuk menjalankan tugas yang memerlukan kualifikasi tinggi maupun untuk mandiri dalam ilmu pengetahuan.
• Membentuk tenaga-tenaga peneliti yang mampu mengembangkan ilmu pengetahuan, teknologi,seni, dan kehidupan masyarakat. Perkembangan usaha Yayasan Jayabaya selanjutnya ditandai oleh pembentukan unit-unit di lingkungan Universitas Jayabaya, yaitu;
• Pada tahun 1961 didirikan Akademi Kepemimpinan Niaga Jayabaya (AKN), dan sejak tahun akademik 1985/1986 AKN diubah menjadi Akademi Manajemen Perusahaan (AMP) Jayabaya
• Pada tahun 1962 didirikan Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik yang terdiri dari dua jurusan yaitu Jurusan Administrasi Negara dan Jurusan Hubungan Internasional.
• Pada tahun 1962, didirikan Akademi Ajun Akuntansi Jayabaya, yang merupakan Akademi Akuntansi Swasta pertama di Indonesia. Sejak tahun Akademi 1985/1986 Akademi Ajun Akuntansi Jayabaya (AAJ) mendapat status disamakan dengan Program Diploma Tiga (D III).
• Pada tahun 1971, didirikan Fakultas Teknik yang mengasuh dua jurusan, yaitu Jurusan Teknik Sipil dan Jurusan Teknik Mesin. Sejak tahun 1987 fakultas Teknik dikembangkan menjadi dua fakultas, yaitu:
• Fakultas Teknologi Industri, membina program S1 dan D3 dengan jurusan yaitu Jurusan Teknik Mesin, Teknik Elektro, dan Teknik Kimia.
• Fakultas Teknik Sipil dan Perencanaan membina 2 (dua) jurusan, yaitu Jurusan Teknik Sipil dan Jurusan Teknik Arsitektur. Pada tahun 1985, didirikan Program Diploma Tiga (D III) Teknologi yang memiliki 2 (dua) jurusan, yaitu Jurusan Teknik Sipil dan Teknik Mesin.

Perkembangan
Universitas, Sekolah Tinggi & Akademi-akademi Jayabaya memiliki program-program kursus/workshop yang diselenggarakan atas keinginan dan kebutuhan pasar saat ini terhadap  aplikasi ilmu bagi dunia industri modern. Program-program kursus/workshop yang dimiliki adalah sebagai berikut:

Program Kursus advokasi. Program ini terselenggara atas kerjasama Pasca Sarjana Jayabaya dengan Asosiasi Advokasi Indonesia.

Keadaan unik tersebut di atas harus dilengkapi lagi dengan informasi tentang keadaan kesekretariatan yakni bahwa, selama 3 tahun sejak berdirinya, Universitas Jayabaya menyelenggarakan pendidikan tanpa memiliki ruangan khusus untuk sekretariat. Barulah pada tahun akademik 1961/1962 ruangan SMP "UTAMA" dapat dipakai untuk sekretariat yang dapat digunakan sore hari dengan status menumpang. Pada tahun 1962, sejalan dengan perkembangan Universitas Jayabaya, sebuah ruang sekretariat dibangun di Jalan Salemba Raya 12 Jakarta Pusat, yang menjadi tempat pusat kegiatan Pimpinan Universitas Jayabaya selama 15 tahun.